數年前，人類以超級戰艦“轟天號”，在南極擊潰“哥吉拉”，並且將“哥吉拉”封印在地底下。但是地球除了“哥吉拉”以外，還有許許多多的怪獸，對各大人類都市虎視眈眈。於是，人類成立了“地球防衛部”，專門對付各種怪獸的入侵。而地球防衛部最強大的成員，就是當年封印哥吉拉的“轟天號”以及其艦長“道格拉斯·戈登上校”。 此外，為了應付怪獸對人類造成的困擾，地球防衛部特別甄選了有特殊能力的人類，這些“超人類”擁有普通人類所沒有的“M染色體”，讓這些人類擁有比普通人更強大的體能跟敏捷性，以應付怪獸的攻擊，其中的佼佼者就是“尾崎真一少尉”。 就在不久之前，人們挖到一個巨大怪物的遺骸，而且怪物擁有機械跟生物的本質，懷疑能夠將生物跟機械結合起來的怪物應該來自於外太空。不久，尾崎真一收到來自嬰兒島“小美人”的警告，這個怪物是當年被“魔斯拉”給封印的“蓋剛”，蓋剛的出現代表著人類...